Експозиція музею побудована на поєднанні двох світів у просторі однієї квартири: світу реального, біографічного, пов'язаного з родиною Булгакових і світу вигаданого, літературного, пов'язаного з романом Булгакова «Біла гвардія». Автор науково-художньої концепції К.Пітоева, художник - лауреат державної премії України ім. Т.Шевченка А.Крижопольскій. Спільне побутування реального предмета і художнього вимислу, побудоване на використанні меморіальних булгаковських речей і їх літературних знаків, дозволило знайти нові форми музейної оповіді, зверненої до життєвого і художнього досвіду відвідувача, його асоціативного мислення. Своє завдання музей бачить більш широким, ніж розповідь про життя і творчість Булгакова, який в Києві письменником ще не був. Експозиція знайомить із середовищем, що виховало майбутнього письменника. А тому в ній широко представлені теми: життя Києва кінця XIX - початку ХХ ст., освіта та виховання, медицина, релігійне та театральне життя міста.
Літературно-меморіальна експозиція складається з таких кімнат:
Вітальня - приймальня як сімейний альбом знайомить нас з історією родин Булгакових - Покровських, з батьками, братами і сестрами Михайла. Оригінальні предмети і фотографії знайомлять з родичами, друзями дому, духівником, сімейним лікарем, людьми, які взяли на себе опіку над осиротілою родиною Булгакових після ранньої смерті батька. У довгій низці осіб і подій виникають прототипи героїв і ситуацій «Біліої гвардії».
Медкабінет доктора Булгакова і доктора Турбіна. Тут царює наука. Представлено життя київського університету поч. ХХст., Фотографії професорів, однокурсників Булгакова. Багато що стає зрозумілим в «Записках юного лікаря» і в інших творах.
Кімнату Олени в 1918 - 1919 рр. займала сестра Булгакова Варвара з чоловіком. Головна тема цієї кімнати - розповідь про сімейну ікону. У романі «Біла гвардія» героїня біля ікони вимолює життя вмираючого брата.
Кімната Миколки. Саме в цій кімнаті жив сам Михайло Опанасович до свого одруження (1913р.). Тут завжди запалена меморіальна лампа під зеленим абажуром як передвістя майбутньої письменницької долі Булгакова.
Книжкова, куди Турбіни поселили Ларіосика, кузена з Житомира - це мрія Булгакова про бібліотеку, як і про власний письменницький кабінет. Сьогодні тут «живуть» рідкісні прижиттєві видання книг Булгакова, журнали, газети, автографи.
Їдальня Булгакових і Турбіних зберігає головні символи Будинку - кремові штори, піч на ім’я «Саардам», баштовий бій годинника. Сюди, в затишну теплу столову вриваються зі спальні Олексія «сніжна буря», що закрутила в бісівських подіях братовбивчої війни, і нескінченне небо з вічними зорями.